Почему bleachbit так сильно грузит систему?

А какие пункты у тебя выбраны при очистке ? Там же написанно , что будет грузить.

выбрал все, но запускаю не от root

Ну так там что-то с диском он делает и оно очень грузит. Читать справки надо.

это перезаписывание свободного места грузит систему

Свободное место: Перезаписать свободное дисковое пространство чтобы удалённые файлы невозможно было восстановить

нужно отключить стирание свободного места. он рассчитывает случайные числа которыми перезаписывает поверхность диска