Исправление badil, (текущая версия) :
В логах вот такие сообщения попадают
2020-03-18T09:28:25.377665Z 211135 [Note] Aborted connection 211135 to db: 'data' user: 'sitemysql' host: 'localhost' (Got timeout reading communication packets)
По этому поводу гугл говорит что проблема в незакрытых соединениях, проверил, закрывал.
Show processes mysql говорит что соединений не больше 50-70 и то в основном sleep
Исходная версия badil, :
В логах вот такие сообщения попадают
2020-03-18T09:28:25.377665Z 211135 [Note] Aborted connection 211135 to db: 'data' user: 'sitemysql' host: 'localhost' (Got timeout reading communication packets)