LOR-FAQ-Scientific

Чем построить график?

для трёхмерных данных помимо вышеперечисленного есть:

Как в gnuplot включить поддержку русского

выбрать кодировку символов можно с помощью команды:

set encoding кодировка

Про русские шрифты написано здесь: http://mydebianblog.blogspot.com/2007/11/eps-gnuplot-latex.html

Про utf8 тут: http://statist.wald.intevation.org/utf8.html

utf8 - дополнение

http://surrender-zen-way.blogspot.com/2010/05/gnuplot-ubuntu-1004-utf8.html gnuplot в Ubuntu 10.04 теперь поддерживает UTF8!

http://www.gnuplot.info/faq/faq.html Update: Version 4.4 contains contains more complete support for UTF-8, including PostScript.

Не забываем про пакет psfrag в LaTeX'е, который позволяет полностью подменять подписи.

Как из графика в виде картинки получить табличку с данными?

Вручную:

А чем можно создать пояснительные рисунки?

  • CLUCalc со скриптовым языком CLUScript (CLUViz, переработанный и улучшенный CLUCalc, не имеет версии под Linux)

Чем просмотреть данные с атомно-силового или сканирующего туннельного микроскопа?

Какие есть программы для работы с данными оптической микроскопии?

Для обработки изображений можно использовать ImageJ написанное на Java.

Чем можно быстро открыть, исправить, обработать картинки гигантских разрешений?

  • VIPS+Nip2 (первое - движок, второе - интерфейс)

Чем можно проанализировать данные с масс-спектрометра/хроматографа?

MS:

MS+хроматография:

Какие есть аналоги Mathcad, Matlab, Maple, Mathematica?

Кроме Mathcad, остальные есть под Linux, но, естественно, стоят денег.

Matlab можно попробовать заменить на Scilab или Octave вместе с QtOctave или Octave Workshop.

Scilab более функционален, чем Octave, но синтаксис Scilab'a в большей степени, чем синтаксис Octave, отличается от синтаксиса MatLab, однако имеется конвертор M2SCI (Matlab2cilab) текстовых скриптов Matlab.

Функционал Scilab можно значительно расширить за счёт внешних модулей, разрабатываемых сообществом и энтузиастами. Среди них и нужно искать так нехватающие многим в основной поставке тулбоксы для Wavelet анализа, обработки изображений и пр.

Об Octave можно подробнее почитать собственно в документации, а также на сайте проекта Xgu.ru.

Еще есть FreeMat. Синтаксис такой же как в Matlab, но реализован только базовый функционал, нет большого числа дополнительных модулей, как в Octave.

Mathcad можно попробовать заменить на SMath Studio.

Для символьных вычислений есть Maxima и графические интерфейсы Xmaxima и wxMaxima. Примеры работы можно посмотреть здесь. Также для символьных вычислений есть Axiom (и его форки OpenAxiom и FriCAS), REDUCE и Mathomatic

Для статистического анализа данных есть R с графическими интерфейсами RKWard и R Commander

Кроме специализированных программ, достаточно популярны математические библиотеки для обычных языков программирования, например, NumPy и SciPy для Python, GSL для C.

Упомяну комбайн Sage.

[1]

А чем можно сразу построить математическую модель задачи и решить получившиеся уравнения?

Какой есть аналог GPSS?

О GPSS все давно забыли. Для моделирования систем массового обслуживания есть, например, библиотека SimPy для Python.

Чем можно нарисовать химическую формулу?

Чем нарисовать молекулу для её дальнейшего расчёта?

Чем считать молекулярную динамику?

Молекулярная механика:

и многие другие

полуэмпирические методы:

чисто квантовые методы:

и многие другие

А как её считать?

Учебник по использованию PC GAMESS в связке с wxmacmolplt: http://amor.cms.hu-berlin.de/~checinsm/docs/PCG-Tutorial-Usage.pdf

После переименования PC GAMESS в Firefly, на wxmacmolplt надо наложить патчи для нормальной совместной работы. Взять их можно здесь: http://slackbuilds.org/repository/13.37/academic/wxmacmolplt/

Чем посмотреть результат расчётов молекулярной динамики?

Большая часть программ для рисования позволяет и посмотреть результат, но есть и специализированные пакеты, предназначенные в основном только для визуализации:

  • Molekel
  • VMD
  • Chimera
  • OVITO (поддерживает форматы файлов LAMMPS, XYZ и POSCAR)
  • AtomEye (поддерживается LAMMPS (?))

и многие другие

Колебательные спектры красиво рисует GaussSum.

Чем перевести из одного химического формата в другой?

Какие программы-планетарии есть под linux?

Какие интерактивные программы демонстрации физических явлений существуют?

  • PhET — написано на Java, требуется перевод на русский
  • Step из состава KDE Edu, в основном механика и термодинамика

Какие есть свободные альтернативы пакетам ANSYS, COMSOL Multiphysics, CFD-ACE?

Все эти CAE пакеты предназначены для серьезных инженерных расчетов и лицензии на их использование стоят немалых денег. Но и для них есть свободные альтернативы.

Salome и набор решателей: OpenFOAM, Code-Aster, Code-Saturne.

Elmer, но в качестве генератора сеток и постпроцессора удобнее использовать сторонние утилиты, например, Gmsh и ParaView соответственно. Хотя в последнее время разработчики активно допиливают графический интерфейс (ElmerGUI) и возможно в ближайшем будущем сторонние утилиты использовать больше не будет необходимости.

Так же стоит упомянуть специализированный дистрибутив CAELinux.

Как рассчитать полупроводниковый лазер с вертикальным резонатором?

  • CAMFR (CAvity Modelling FRamework) - быстрый, гибкий полностью векторный пакет для решения уравнений Масквелла (Maxwell) на C++ с биндингами на Python. Основное назначение - область нанофотоники.
  • Meep Meep (or MEEP) is a free finite-difference time-domain (FDTD) simulation software package developed at MIT to model electromagnetic systems, along with our MPB eigenmode package.

Как аппроксимировать экспериментальные пики Гауссом, Лоренцом и др. кривыми?

  • Fityk - приложение для нелинейной подгонки кривых методом наименьших квадратов.
  • Команда fit в gnuplot, только нужно сначала задать функцию которой аппроксимируется.

С помощью чего можно организовать или упорядочить коллекцию статей? Какие есть аналоги papers?

  • Mendeley — freeware под все три основные платформы, распространяется без исходного кода. Данные для совместной работы (Shared Collection) хранятся в онлайне на серверах mendeley. Бесплатные учетные записи на сервисе mendeley предоставляют ограниченный функционал.
  • Zotero — расширение Firefox.
  • Referencer — Удобный каталогизатор статей. Позволяет вводить и отслеживать библиографические данные, умеет импортировать/экспортировать подборки ссылок в BibTeX формат. "Вкусной" фишкой является сканирование текстов статей в pdf-формате и извлечение оттуда DOI, по которому онлайн можно определить библиографические данные (требуется бесплатная регистрация). Благодаря этому можно быстро каталогизировать большие объемы текстов статей, сохраненные локально.
  • Bibus — библиографическая СУБД. Использует MySQL или SQLite в качестве хранилища, может вставлять ссылки в LibreOffice, OpenOffice.org и Microsoft Word, а также генерировать библиографический список.
  • Zettelkasten — (с нем. "карточный каталог") кроссплатформенное свободное приложение-каталогизатор на Java.
  • JabRef — хранитель ссылок по типу EndNote на основе BibTeX.

Где можно поискать свободно доступную современную литературу?

  • [2] естественные и технические науки

Какой софт может предложить OpenSource психологу и нейрофизиологу?

  • PsychoPy - программа для проведения экспериментов в области восприятия и дальнейшей обработки результатов, написанная, как это ни странно, на Python.
  • NeuroDebian Проект развивающий репозиторий нейрофизиологического и психологического свободного софта. Так же они делают сборки Debian с предустановленным софтом
  • OpenEEG Это проект по созданию дешевых приборов ЭЭГ диагностики и свободного софта для этой же цели
  • EEGLAB Инструмент для анализа ЭЭГ,являющийся расширением для Matlab
  • ODIN объектно-ориентированная библиотека на С++ для анализа данных МРТ

Что можно использовать для визуализации метаболических путей?

  • Arcadia — просмотрщик, средство визуализации метаболических путей с поддержкой стандартов SBML и SBGN с интерфейсом на Qt.

Прочее ПО для этой задачи можно найти на сайтах SBML и SBGN.