Чем построить график?
- gnuplot http://www.gnuplot.info/
подробное руководство и примеры по работе: http://t16web.lanl.gov/Kawano/gnuplot/index-e.html
- labplot http://labplot.sourceforge.net/
- QtiPlot http://soft.proindependent.com/qtiplot.html
- SciDAVis http://scidavis.sourceforge.net/ форк предыдущего
- grace http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
- matplotlib (Python-библиотека, имеющая сходный с matlab интерфейс) http://matplotlib.sourceforge.net/
для трёхмерных данных помимо вышеперечисленного есть:
- OpenDX http://www.opendx.org/
- MayaVi http://code.enthought.com/projects/mayavi/
- VisIt https://wci.llnl.gov/codes/visit/
Как в gnuplot включить поддержку русского
выбрать кодировку символов можно с помощью команды:
set encoding кодировка
Про русские шрифты написано здесь: http://mydebianblog.blogspot.com/2007/11/eps-gnuplot-latex.html
Про utf8 тут: http://statist.wald.intevation.org/utf8.html
Не забываем про пакет psfrag в LaTeX'е, который позволяет полностью подменять подписи.
Чем просмотреть данные с атомно-силового или сканирующего туннельного микроскопа?
- Gwyddion http://gwyddion.net/ (форматы NTMDT и AIST-NT поддерживаются, как и многие другие)
Какие есть программы для работы с данными оптической микроскопии?
Какие есть аналоги MathCAD, MatLab, Maple, Mathematica?
Кроме MathCAD, остальные есть под linux, естественно, стоят денег.
MatLab можно попробовать заменить на SciLab или octave вместе с qtOctave или Octave Workshop.
SciLab более функционален. но его синтаксис несколько отличается от MatLab.
Про Octave можно подробнее почтитать здесь: http://xgu.ru/wiki/GNU_Octave
Еще есть FreeMat. Синтаксис такой же как в MatLab, но реализован только базовый функционал, нет большого числа дополнительных модулей как в Octave.
Для символьных вычислений есть maxima и графические интерфейсы xmaxima и wxmaxima. Примеры работы можно посмотреть здесь. Также для символьных вычислений есть axiom и Mathomatic
Кроме специализированных программ, достаточно популярны математические библиотеки для обычных языков программирования, например, NumPy и SciPy для Python, GSL для C.
Какой есть аналог GPSS?
О GPSS все давно забыли. Для моделирования систем массового обслуживания есть, например, библиотека SimPy для Python.
Чем нарисовать молекулу для её дальнейшего расчёта?
- ghemical http://www.uku.fi/~thassine/projects/ghemical/
- avogadro http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
- wxMacMolPlt http://www.scl.ameslab.gov/~brett/MacMolPlt/
- gabedit http://gabedit.sourceforge.net/
- ccp1gui http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/ccp1gui/
Чем считать молекулярную динамику?
Молекулярная механика:
- Tinker: http://dasher.wustl.edu/tinker/
- NAMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
- gromacs: http://www.gromacs.org/
и многие другие
полуэмпирические методы:
- MOPAC: http://openmopac.net/
- старый mopac7 с http://www.uku.fi/~thassine/projects/download/current/
чисто квантовые методы:
- PCGAMESS/Firefly: http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
- GAMESS: http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/
- MPQC: http://www.mpqc.org/
и многие другие
А как её считать?
Учебник по использованию PCGAMESS в связке с wxmacmolplt: http://amor.cms.hu-berlin.de/~checinsm/docs/PCG-Tutorial-Usage.pdf
После переименования pcgamess в firefly, на wxmacmolplt надо наложить патчи для нормальной совместной работы. Взять их можно здесь: http://slackbuilds.org/repository/13.0/academic/wxmacmolplt/
Чем посмотреть результат расчётов молекулярной динамики?
Большая часть программ для рисования позволяет и посмотреть результат, но есть и специализированные пакеты, предназначенные в основном только для визуализации:
- Molekel: http://www.cscs.ch/molekel/
- VMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
- Chimera: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
и многие другие
Колебательные спектры красиво рисует gausssum.
Чем перевести из одного химического формата в другой?
- openbabel http://openbabel.org/wiki/Main_Page
Какие программы-планетарии есть под linux?
- celestia http://www.shatters.net/celestia/
- stellarium http://www.stellarium.org/
- kstars http://edu.kde.org/kstars/
Какие интерактивные программы демонстрации физических явлений существуют?
- PhET http://phet.colorado.edu/ --- написано на Java, требуется перевод на русский
- Step http://edu.kde.org/step/ --- в основном механика и термодинамика
Какие есть свободные альтернативы пакетам ANSYS, COMSOL Multiphysics, CFD-ACE?
Все эти CAE пакеты предназначены для серьезных инженерных расчетов и лицензии на их использование стоят немалых денег. Но и для них есть свободные альтернативы.
Salome и набор решателей: OpenFOAM, Code-Aster, Code-Saturne.
Elmer, но в качестве генератора сеток и постпроцессора удобнее использовать сторонние утилиты, например, Gmsh и ParaView соответственно. Хотя в последнее время разработчики активно допиливают графический интерфейс (ElmerGUI) и возможно в ближайшем будущем сторонние утилиты использовать больше не будет необходимости.
Так же стоит упомянуть специализированный дистрибутив CAELinux.