Выбор ФС

На самом деле особого прироста от смены ФС нет, все упирается в производительность самого жесткого диска. Опять же, все зависит от того для каких задач будет использоваться тот или иной раздел диска

В первую очередь рекомендуется посмотреть в сторону ext3, как самой проверенной и ранее используемой почти во всех дистрибутивах по умолчанию. Сейчас стандарт de facto - ext4

Для /home достаточно любой. Важные данные? Просто включайте журналирование. Если хотите работать с разделом под Windows, предпочтительнее ext3.
Для корневого раздела: ext4, reiser3. Причина: быстрая работа с множеством(over100k) мелких файлов

Недостатки ФС

• reiser4 - по прошествии периода времени начинается жуткая фрагментация (по сообщениям разных пользователей с лора);
• JFS - со временем (полгода-год активного использования торрентов) растёт фрагментация. Нет возможности уменьшить размер ФС, её можно только увеличивать;
• XFS - нет возможности уменьшить размер ФС, её можно только увеличивать. Есть ненулевая вероятность потерять содержимое открытых файлов при некорректном отмонтировании/пропадании питания;
• ext3 - число inode (максимальное число файлов) задается при форматировании, может привести к ситуации, когда место есть, а файл создать нельзя (когда ну очень много файлов);
• btrfs - начиная с ядра версии 2.6.31 разработчики собираются делать только обратно-совместимые изменения в формате данных на диске, но, во-первых, никто не знает наверняка, во-вторых, ФС все еще остается экспериментальной.
• Все упомянутые ФС, кроме reiser3 и reiser4, имеют ограничение на длину имени файла в 255 байт, что может создать неудобства, особенно при использовании UTF (но так как в VFS есть ограничение на 255 байт, это преимущество никак не проявляется).

Преимущества ФС

• XFS - быстрое восстановление после потери питания, наличие дефрагментатора, эффективная работа с большими файлами.
• JFS - использует меньше процессорного времени (тестировались ext3, reiser, xfs, jfs)

Ссылки:
[1]
[2]
[3]
[4]

Доклад Google о файловых системах Linux (http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=30478)

   Файловая система Ext2 очень надежна, но имеет проблемы с производительностью при высокой интенсивности ввода/вывода. Из всех дисковых операций 40% было связано с обработкой мета-данных и только 60% с самими данными (после перехода на Ext4 это соотношение удалось свести к 4%
   для мета-данных и 96% для данных, общая производительность при этом возросла, в зависимости от областей применения, в полтора-два раза). При высокой нагрузке удаление 8 Мб файла иногда длилось до 800 секунд, наблюдались проблемы с фрагментацией. Как вариант решения проблемы все
   мета-данные можно было кэшировать, но это потребовало бы больших затрат оперативной памяти. Еще один недостаток Ext2 - очень долгое выполнение восстановления при помощи fsck - для диска 1 Тб восстановление занимало 85 минут;
   Ext3 - проблемы с долгим выполнение fsck решены за счет поддержки журналирования, но производительность осталась на уровне Ext2.
   Дополнительные плюсы - простота управления и лёгкость миграции с Ext2; Ext4 - кроме унаследованных у Ext3 плюсов в Ext4 частично решены проблемы с производительностью. Производительность не самая высокая среди
   доступных ФС, но вполне достаточная; В Btrfs реализованы очень интересные возможности, но код еще не готов для промышленного применения;
   XFS - отличная производительность, но большая усложнённость реализации; ZFS - отличная производительность, высокая надежность и богатые возможности с одной стороны, но с другой стороны несовместимая с GPL лицензия
   на код; ReiserFS и JFS не рассматривались в Google как варианты для миграции из-за недостаточной поддержки кодовой базы;
   В Google не используют журналирование - потери производительности оказались слишком большими (накладные расходы понизили производительность на 23%-33% в зависимости от типа журнала). Конфигурация без журнала также продемонстрировала большую предсказуемость.