Можно

Можно, никакая адаптация не нужна.

Раз у вас systemd, то вы точно не используете GuixSD (в котором shepherd) и guix — системный пакетный менеджер. Значит вы будете использовать guix непривилегированным пользователем в домашней директории. В HOME'е какая разница что использовать, всё равно вы сервисы непривилегированным пользователем запускать не будете.

Благодарю за ответ,

вопрос как раз в том, - что нужно сделать для замены shepherd на systemd.

Неответ на невопрос

вопрос как раз в том, - что нужно сделать для замены shepherd на systemd.

То есть вы спрашиваете о GuixSD, а не о Guix'е. И вопрос у вас на самом деле: «Что будет если в GuixSD shepherd заменить на systemd?» Отвечаю в меру своего незнания: возможно придётся переписать какие-то части пакетов касающиеся запуска сервисов.

Свобода такая свобода

А вообще, мне бы хотелось чтобы в GuixSD, да и в Debian'е, и в других дистрибутивах, была возможность выбирать систему инициализации. Но разработчики systemd хорошенько постарались чтобы это было сложно.

Почему здесь причастны разработчики systemd?

Я предполагаю, проблема в сложности поддержки нескольких init систем.

P.S. концептуально systemd мне нравится (использование cgroups для контроля за процессами).

Благодарю за ответы.

всё равно вы сервисы непривилегированным пользователем запускать не будете

Это откуда такой вывод? К примеру systemd --user отлично позволяет запускать сервисы под пользователем.